بعد خروجه من المعركة، يحظى ميجا مان بحلم يعود به إلى الماضي حينما صُنع على يد دكتور لايت.
يبتكر الدكتور ويلي جهازًا يمكّنه من التحكم في جميع الأجهزة الإلكترونية ويرسل روبوتاته لزرعها في شبكة كهرباء على مستوى المدينة.
يخدع الدكتور ويلي - ميجا مان ليعتقد أنه سيتحول إلى فتى بشري حقيقي عندما يضع في الواقع شريحة تتحكم بالعقل في خوذته.
عندما يصنع ويلي آلة جديدة مصنوعة لتحدث الزلازل، يجب على ميجا مان محاولة العثور عليها وتدميرها.
تمطر في حديقة الديناصورات الآلية حمضًا يؤثر على الروبوتات، بينما لا تتأثر روبوتات الدكتور ويلي لتطعيمه لها ضد الحمض، ويجب على الدكتور لايت إيجاد ترياق لإيقاف الأمر.
يتبع ميجا مان - الدكتور ويلي إلى القمر حيث يبني هو وروبوتاته آلة جديدة.
يهاجم الدكتور ويلي عملية تعدين تحت الماء، ثم يحاول التخلص من دكتور لايت وميجا مان بمختبر مزيف تبين أنه سجن متنقل.
يبتكر الدكتور ويلي آلة يستخدمها لتقليص المدن الكبرى وبيعها لأصحاب الملايين.
يتبادل ميجا مان جسده مع سنيك مان، ويصبح عليه محاولة البقاء على قيد الحياة في جسده الجديد دون التسبب في أي مشكلة.
يسرق الدكتور ويلي تقنية التجميد الفائق من شركة زيرو ريفريجشرين لإنشاء نهر جليدي عملاق ومدن متجمدة، ويضع خطته بإجبار قادة مختلف المدن على الخروج من السلطة واستبدالهم بروبوتاته.
تسبب أغنية جديدة لفرقة كولد ستيل في تنويم الناس في جميع أنحاء العالم، ويتضح أن الفرقة هي روبوتات ويلي المتخفية.
يبتكر الدكتور لايت آلة الزمن، ويسعى ويلي للاستيلاء عليها بمساعدة روبوتاته.
ينتشر اختراع جديد للدكتور ويلي في الجزيرة، ويتحد هو وروبوتاته مع ميجا مان والبقية على مضض لإصلاح ما أفسده.